عد نحو 3 سنوات من الهدوء والانفراج النسبي للأوضاع السياسية، ستعود المواجهة من جديد بين النظام وحركة النهضة التي برزت بقوة خلال الانتخابات التشريعية المقامة بتونس في 2 أبريل/ نيسان 1989، وشاركت فيه النهضة (الاسم الجديد لحركة الاتجاه الإسلامي/ فبراير 1989) تحت غطاء قائمات مستقلة بجميع الدوائر. وفي مايو 1991، أعلن وزير الداخلية آنذاك عبد الله القلال، عن إجهاض محاولة انقلابية للنهضة على نظام بن علي، لتواصل وزارة الداخلية حملة اعتقالات واسعة وملاحقات أمنية لقياديي النهضة ومنتسبيها. وشملت الاعتقالات التي فتحت عهدا من الاستبداد سيستمرّ حتى 2011، أكثر من 30 ألفا من القياديين والمنتسبين والمتعاطفين وفق أرقام الحركة، وأدت إلى فرار آلاف المنتسبين الآخرين إلى حوالي 50 بلدا بالعالم، فيما قضى تحت التعذيب والإهمال الصحي في السجون عشرات المنتسبين الآخرين.