عندما تأسست دولة الأغالبة في تونس لقي الجامع المزيد من العناية والاهتمام، ليصبح أول مدرسة فكرية ومعهد علمي نموذجي في الإسلام وفي العال، وليس مستغربا أن يعد الزيتونة أول جامعة في العالم حيث توسعت العملية التعليمية ونظمت، وظهرت العديد من الأسماء الكبيرة في التاريخ الإسلامي في جامع الزيتونة ومنهم أسد بن الفرات الفقيه المالكي المعروف، وأيضا المفسر الفقيه محمد ابن عرفة ومؤسس علم الاجتماع ابن خلدون.